Hükümdarlığı sıkıntılı başlamıştır. Kendisine padişahlık yolu açan isyancılara boyun eğdi. Alemdar Mustafa Paşa dağıtılan Nizam' ı Cedid ordusundan kalanlarla İstanbul' a girmiştir. Sonunun geldiğini anlayan Dördüncü Mustafa amcasının oğlu Üçüncü Selim ve kardeşi İkinci Mahmut' u öldürtmek istedi. Üçüncü Selim'i katlettiler ancak İkinci Mahmut'u ellerine geçiremediler. İkinci Mahmut padişah olunca Dördüncü Mustafa'nın öldürülmesini emretti.
Bir sene gibi kısa süre tahttan kalan Dördüncü Mustafa' nın cenazesi babası Birinci Abdülhamit' in türbesine defnedilmiştir.
Sign up here with your email